1.药物治疗

肛瘘有间歇期和发作期。治教正确治疗间歇期会完全没有症状，囊肿这时可以不用药。肛瘘发作期出现流脓、治教正确治疗红肿、囊肿疼痛等症状，肛瘘如果不能马上手术，治教正确治疗也可以采取药物治疗暂时缓解症状。囊肿

(1)外治 用消肿止痛洗剂坐浴，肛瘘外涂金黄膏。治教正确治疗

(2)使用抗生素 急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。

(3)中药内服 用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热用仙方活命饮。

2.手术治疗

(1)切开引流 肛瘘发作期合并感染，此时因身体其他因素不能手术，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽脓处理。这种方法效果立竿见影，但只是暂时缓解，日后还需再行根治手术。

(2)置管或挂线引流 对高位瘘或多瘘管的复杂瘘，没有把握手术，但为了防止病情加重或蔓延，可以在瘘管内放置引流管或引流条，每天药物冲洗，虽不能根治，但可以控制病情。

(3)肛瘘切开术 肛瘘最经典与最主流术式，90%以上低位肛瘘的治疗采用此方法。

(4)瘘管剔除术 对瘘管完全粘连、较细的低位肛瘘，探针无法探入，可以采用剔除术。